Orta Çağ Avrupası'nda soyluların sofralarına da girince çok önemli bir ticaret ürünü haline geldi, ama pahalı olması nedeniyle ancak varlıklı kimseler satın alabiliyordu. Aslında tarçın, kakule, zencefil ve zerdeçal satışına dayanan baharat ticaretine Çinliler Mîlat'tan önce başlamıştı.

Baharat, Doğu’dan Avrupa'ya iki ayrı yoldan gelirdi. Bunlardan biri Orta Asya üzerinden geçen İpek Yolu'ydu. Ama İpek Yolu asıl olarak eski çağlarda Çin ipeğinin Roma’ya taşındığı yoldu;diğer yol ise, Hindistan ve Seylan'dan (Sri Lanka) Kızıldeniz'deki Akabe Körfezi'ne,Yemen kıyılarına ya da Basra Körfezi'ne gelen denizyoluydu. Bu kıyılardaki limanlarda gemilerden boşaltılan baharat karayoluyla Fenike veFilistin kıyılarına, Mısır'da İskenderiye'ye ve Karadeniz'e ulaştırılırdı. Sonra yine denizyoluyla Avrupa'ya taşınırdı.

Baharat üreten ülkelere doğrudan ulaşmanın yolları arandı. Sonunda Vasco da Gama 1498'de Ümit Burnu'nu dolaşarak Hindistan yolunu açtı. Kristof Kolomb Batı Hint Adaları'na, Macellan Güney Amerika'yı dolaşarak Doğu Hint Adaları'na vardı. Böylece baharat üreten ülkelere yeni yollar açıldı. Bunun sonucunda baharat ticaretinde Venedik tekeli kırılırken, tarihsel Baharat Yolu da önemini yitirdi.
 
Baharatın ilk kullanıldığı yer olarak, Uzak Doğu kabul edilir. Öyküsü insanlık tarihiyle iç içedir. Antikçağlardan beri dünya pazarlarında kıymetli bir yeri olan baharat, yiyecek ve içeceklere, sağlığa, parfümlere, dinsel hayata, büyülere ve törenlere damgasını vurmuştur. Eski Yunan, Çin, Sümer, Asur, Mısır ve Roma'da şifalı ot olarak hastalıkları iyileştirmede baharatların kullanıldığı bildirilmektedir. Hyprokratus, Galenus, Diaskorides gibi ünlü hekimler baharatlı ilaçlar yapmışlardır. Ticaret ağları yoluyla dünyayı dolaşmış ilk ürün olan baharat, binlerce yıldır efsanelerde ve tarihte adından sıkça söz ettirmiştir. Örneğin, erkek kardeşi Hz. Yusuf'u sattığı zaman, onu satın alanlar Arabistan'dan Mısır'a giden baharat tüccarlarıydı. Saba Melikesi, Hz. Süleyman'ı ziyaret edip de erdemini sınadığında, ona ödül olarak Kraliyet armağanı olan, Arabistan baharatı vermişti. Baharata duyulan istek, Vasco da Gama'nın Afrika'yı dolaşan yeni bir deniz yolu açmasını ve bu olayla hemen hemen eşzamanlı olarak, Kristof Kolomb'un Yeni Dünya'yı keşfini sağladı.

Baharata verilen önem öylesine büyüktü ki bu önem zenginliğe, fetihlere, soykırımlara yol açtı. Sömürgeci güçler onun için savaştı, ticaretini kontrol etmek amacıyla insanları köleleştirdi ve öldürdü. Ne var ki baharat tarih boyunca hep tehlikeli bir tat oldu.

Asurlular, Arabistan'ın baharat vergisi uğruna savaşıp öldüler. Cenevizliler ve Venedikliler, ortaçağ Avrupası'nda baharat ticareti için uzun süre mücadele ettiler. Dördüncü Haçlı Seferi'ne katılan askerler, Venedik'in telkiniyle İstanbul'u kuşattı ve şehrin efsanevi baharat ticaretini Venedik'in denetimine verdiler. İngilizlerin sahip olduğu ilk deniz aşırı toprak olan, Endonezya'daki minik Run Adası'nda Felemenkler, karanfil ve küçükhindistan cevizi ticaretinde tekel olma gibi kötü bir girişimde bulunarak adayı fakir düşürdüler ve öteki halklarının kökünü kuruttular. Benzer şekilde 19.yy.da afyon fiyatlarının düşmesi sonucu ekonomisi tehdit altında kalan İngiltere, Çin'i Hint Adaları'ndan afyon ithal etmeyi sürdürmeye ikna etmek amacıyla, Çin'e karşı iki kere savaş açtı.