Atlit-Yam kalıntıları 8-12 m derinlikte, 40.000 m2 alan içersine yayılmıştır. Mimari buluntuları, dikdörtgen yapılar, uzun bağlantısız duvarlar, yuvarlak ayrıntılar, ritüel serisi temelleri taş yapılı su kuyularından oluşur. Buna ek olarak, 65 insan iskeleti bulunmuştur. Hayvan kalıntıları evcilleştirilmiş koyun, keçi, domuz, köpek, sığır ve deniz balıkları gibi çok sayıda vahşi ve evcil hayvanların kemik kalıntılarından oluşuyordu. Balık kalıntıları; Balistes Carolinesis, (gri tetik balık), Serranidae, Sparidae, Sciaenidae, Mugillidae ve diğer balık türlerine ait 6000'den fazla kalıntıdan oluşuyor.

Taş, kemik, ahşap ve çakmak taşından yapılmış eserler aynı zamanda buğday, arpa, mercimek ve keten tohumları dahil botanik kalıntılardan büyük miktarlarda elde edildi. Eserler ve bitki kalıntılarının bazıları balıkçılık ile ilişkili olabilir. Arkeolojik kazılarda bulunan malzemeler yerleşimin ekonomisinin bitki ekimi, hayvancılık yetiştiriciliği, avcılık, balıkçılık ve toplama içeren karasal ve deniz kaynaklarının kombine kullanımı dayandığını gösteriyor. Atlit-Yam yerleşimi Levanten kıyısında bir agro-pastoral-deniz geçim sisteminden oluşmaktadır.

Atlit-Yam kuyularında Megaliths bir ritüel kurulum bulunmuştur. Hala kuzeybatı açık bir daire (çapı yaklaşık. 2,5 m) oluşturan, dik duran yedi taştan (1-2,1 m uzunluğunda) oluşur. Taşlarda gri traverten'e rastlanmıştır, bu da geçmişte tatlı su varlığını göstermektedir. Batıda ki yassı yatay taşların (0,7-1,2 m uzunluğunda) bazıları işaretlenmiştir. Bu işaretler, taze bir su kaynağı ile bağlantılı bir şematik antropomorfik şekli oluşturan oluklar tarafından çevrelenen üç oval taştan (1,6-1,8 m) oluşmaktadır.

Deniz tabanın altında 5.5 m, deniz seviyesinin altında 15.5 m kazılmıştır. Kömür ve su dolu botanik kalıntıların yanı sıra, hayvan kemikleri, taş, ahşap ve kemik eserler bulunmuştur. Atlit-Yam kuyularda yapılan incelemeler, bir su kuyusu işlevi olmaktan çok desposal çukur olarak kullanılmış olduğunu göstermektedir. Buluntuların fonksiyonlarındaki değişiklik muhtemelen deniz suyundaki tuz artışı ile ilgilidir.