Arafat, Filistin'in özerkliği için durmaksızın İsraillilere karşı mücadele etti. Hayatının çoğunu 1958 ile 1960 yılları arasında kurduğu siyasi el Fetihörgütünün liderliğini yaparak geçirdi. Önceleri İsrail'in varlığına karşı idiyse de 1988 yılında BM Güvenlik Konseyi'nin 242 sayılı kararını kabul ederek bu görüşünü değiştirmiştir.

Arafat, 1960'ların sonu ile 1970'lerin başında, el Fetih bir iç savaş sırasında Ürdün ile açıkça karşı karşıya kaldığında olduğu gibi sürekli anlaşmazlıkların ortasında kaldı. Ürdün'den dışarı zorla çıkarılan ve Lübnan'a yerleşen Arafat ve el Fetih, ülkenin işgal edildiği 1978 ve 1982 yıllarında İsrail'in hedefi oldu. Siyasi görüşleri ne olursa olsun Filistinlilerinçoğunluğu Arafat'ı bir özgürlük savaşçısı ve şehit olarak tanımlarken, İsraillilerin çoğu, örgütünün sivillere karşı giriştiğini savunduğu birçok eylem nedeniyle terörist olarak görmektedir.

Hayatının son dönemlerinde Arafat, FKÖ ile İsrail arasında onyıllardır süren anlaşmazlığı sona erdirmek için İsrail hükümeti ile bir dizi müzakereye girişti. Bunların arasında 1991 Madrid Konferansı, 1993 Oslo İlkeler Anlaşması ve 2000 Camp David Zirvesi bulunur. İslamcılar ve FKÖ'nün bazı sol kanat mensupları yozlaştığını ve İsrail hükümetine çok fazla taviz verdiğini söyleyerek kınamış ve muhalif olmuşlardı. 1994 yılında Arafat, Oslo'da yapılan müzakerelerden ötürü İzak Rabin ve Şimon Peres ile birlikte Nobel Barış Ödülü'ne layık görüldü. Bu esnada Hamas ve diğer militan örgütlerin gücü eline geçirerek el Fetih ve Arafat'ın talep ettiği otoriteyi sarstı.

2004 yılının sonlarında Ramallah'da bulunan binalarda iki yılı aşkın bir süredir İsrail Ordusu tarafından zorla tutulmaktayken Arafat hastalandı ve komaya girdi. Gerçek ölüm sebebi tam olarak bilinmese de doktorlar idiyopatik trombositopenik purpura ve sirozdan söz etti ama otopsi yapılmadı. Arafat 11 Kasım 2004'te 75 yaşında öldü.

Aile geçmişi ve gençliği
Arafat, Kahire'de Filistinli bir anne ve babanın çocuğu olarak doğdu. Babası, Abdurrauf el-Kudva el-Hüseyni, Gazzeliydi; babasının annesi Mısırlıydı. Arafat'ın babası Kahire'nin kültürel olarak kozmopolit Sakanini mahallesinde tekstil tüccarıydı. Arafat yedi kardeşin en genç ikincisiydi ve yalnızca küçük kardeşi Fethi ile kendisi Kahire'de doğmuştu. Annesi Zehva Ebulsuut 1933'te, Arafat dört yaşındayken böbrek rahatsızlığından öldü.

Arafat'ın Kudüs ile ilk bağlantısı,tek başına yedi çocuğu yetiştiremeyen babasının kardeşi Fethi ile kendisini, Eski Kudüs'ün Fas mahallesinde yaşayan annesinin ailesine göndermesiyle oluştu. Orada amcaları Selim Ebulsuut ile birlikte dört yıl yaşadılar. 1937'de babaları, ablaları İnam tarafından bakılmak üzere onları yanına geri aldı. Arafat'ın babası ile olan ilişkileri giderek kötüleşmiş ve 1952'de babası öldüğünde cenazesine katılmamıştır. Gazze'ye dönüşünden sonra bile babasının mezarını ziyaret etmemiştir.

Eğitimi ve 1948 Arap-İsrail Savaşı
1947'de Arafat Kral I. Fuat Üniversitesi'ne kaydoldu ve 1950'de mezun oldu. Daha sonraları bu dönemde Yahudilerle giriştiği tartışmalarla ve Theodor Herzl ile diğer önde gelen siyonistlerin yayımladıkları eserleri okuyarakYahudilik ve Siyonizm hakkında daha iyi bilgilendiğini belirtmiştir. Ancak yaşamının bu evresinde bir Arap milliyetçisi oldu ve gizli yollardan ele geçirdiği silahları Arap Yüksek Komitesi'nin ve Cihat Ordusunun üyeleri tarafından kullanılmak üzere o zaman İngiliz mandası altında olan Filistin'e kaçak yollardan soktu.

1948 Arap-İsrail Savaşı sırasında, Arafat üniversiteden ayrıldı ve diğer Araplarla birlikte Filistin'e girerek İsrail birliklerine karşı savaşan Arap kuvvetlerine katılmaya çalıştı. Ancak Filistin fedailerinin yanında savaşmak yerine, resmî olarak örgüte hiç girmemiş olsa da Müslüman Kardeşlerin yanında savaştı. Çatışmada Mısır kuvvetlerinin ana savaş alanı olan Gazze'de savaşa katıldı. 1949 yılının başlarında savaş İsrail'in lehine doğru ilerlemekteydi ve Arafat bu esnada lojistik destek eksikliğinden ötürü Kahire'ye geri döndü.

Üniversiteye döndükten sonra Arafat inşaat mühendisliği okudu ve 1952'den 1956'ya kadar Filistinli Öğrenciler Birliği'nin başkanlığını yaptı. Başkanlık yaptığı ilk sene, Özgür Subaylar Hareketi'nin Kral I. Faruk'u devirmesinden sonra üniversitenin adı Kahire Üniversitesi oldu. Bu sıralarda Arafat inşaat mühendisliğinden mezun oldu ve Süveyş Krizi'nde savaşmak için Mısır Ordusu'na çağırıldı ancak bizzat savaş alanında çarpışmadı. O yılın sonunda, Prag'da bir konferansta düz beyaz bir kefiye taktı. Bu kefiye daha sonra Kuveyt'te takmaya başladığı kendisiyle özdeşleşen siyah-beyaz damalı kefiyeden farklıydı.

Adı
Arafat'ın asıl tam adı Muhammed Abdurrahman Abdurrauf Arafat el Kudva el Hüseyni'dir. Muhammed Abdurrahman ilk adlarıdır; Abdurrauf babasının adı, Arafat da büyükbabasının adıdır. El Kudva aile adı, el Hüseyni de el Kudva ailesinin bağlı olduğu aşiretin adıdır. Ancak Arafat'ın aşireti olan el Hüseyni Gazze'de yerleşmiştir veKudüs'ün tanınmış el Hüseyni aşiretiyle bir ilgisi yoktur.

Arafat Kahire'de yetiştiğinden beri adın Muhammed ya da Ahmed bölümünü bırakmak gelenek hâline gelmişti. Örneğin tanınmış Mısırlılardan Enver Sedat ve Hüsnü Mübarek de aynı şekilde davranmıştır. Ancak Arafat adının Abdurrahman ve Abdurrauf kısımlarını da bıraktı. 1950'lerin başına Arafat, Yaser adını kullanmaya başladı. Gerilla kariyerinin başlarında da kod adı olarak Ebu Ammar'ı seçti. Her iki isimde Muhammet'in ilk takipçilerinden Ammar bin Yaser'den gelir. Adlarının çoğunu bırakmasına rağmen İslam'daki önemine istinaden Arafat adını bırakmadı.

El Fetih'in yükselişi El Fetih'in kuruluşu
1956 yılında Süveyş Krizi'nin sonucunda Özgür Subaylar Hareketi'nin lideri Mısır Cumhurbaşkanı Cemal Abdülnasır, Birleşmiş Milletler Acil Müdahele Gücü'nün Sina Yarımadası ve Gazze Şeridi'ne yerleşmesini kabul etti ve bu da aralarında Arafat'ın da bulunduğu tüm gerilla ya da fedailerin bölgeden uzaklaştırılmasına neden oldu. Arafat önce Kanada'ya sonra da Suudi Arabistan'a vize alabilmek için başvuruda bulundu ama ikisinde de başarılı olamadı.

1957 yılında, o dönemde Büyük Britanyamandası altında olan Kuveyt'e vize için başvurdu ve inşaat mühendisliğindeki işi nedeniyle başvurusu kabul edildi. Kuveyt'te Mısır'daki Müslüman Kardeşler örgütünün üyesi iki Filistinli arkadaşı Salah Halef (Ebu İyad) ve Halil el Vezir (Ebu Cihad) ile karşılaştı. Her ikisi de sonraki dönemlerde Arafat'ın sağ kolu oldular. Ebu İyad, Arafat gibi 1957'nin sonunda Kuveyt'e gelmişti, Ebu Cihad öğretmenlik yaparak Kuveyt'te yaşıyordu. 1960'da Ebu İyad Arafat'ın geçici bir öğretmenlik işi bulmasına yardımcı olmuştu.
 
Arafat Gazze'den gelen diğer Filistinli mültecilerle arkadaşlığını geliştirdikçe el Fetih diye bilinen grup oluşmaya başladı. El Fetih'in kuruluşunun tam bir tarihi yoktur ancak 1958-1960 tarihleri arasında grup örgütün kurucuları tarafından kaleme alınan milliyetçi Filistin dergisi Filistinuna Nida el Hayat (Filistinimiz, Yaşam Çağrısı) etrafında toplandı. Grubun ismi olan el Fetih Arapça Harekat el Tahrir el Vatani el Filistini yani "Filistin Ulusal Kurtuluş Hareketi" 'nin başharflerinin tersten yazılışıdır. Ancak kelimenin fethetme anlamı bu örgüt için kullanılmamıştır.

El Fetih kendini Filistinliler tarafından yürütülen bir silahlı mücadeleyle Filistin'in kurtarılmasına adadı. Bu yönüyle, çoğunluğu birleşik bir Arap tepkisine inanan diğer siyasi ve gerilla örgütlerinden farklıydı. Arafat'ın örgütü zamanının önde gelen Arap ulusal hükümetlerinin ideolojilerine hiçbir zaman başeğmedi, o dönemde diğer Filistinli fraksiyonlar Mısır,Irak, Suudi Arabistan ve Suriye gibi devletlerin uyduluğunu yapıyordu.

İdeolojisine bağlı kalan Arafat genel olarak bağımsız hareket edebilmek için büyük Arap hükümetlerinin örgütüne bağışlarını kabul etmedi. Ancak bu devletlerden uzaklaşmak istemediği ve hepsinin tam desteğini almak istediği için de diğer ideolojilere bağlı olan gruplarla ittifaka da girmedi. Ancak Kuveyt'te ve Katar gibi diğer körfez ülkelerinde bulunan zengin Filistinlilerin yardımını alarak el Fetih'in gelecekteki finansal kaynaklarını oluşturmak için çok çaba sarfetti. 1961 yılında Katar'da Mahmud Abbas (el Mazen) ile tanıştı.

Arafat'ın temas ettiği işadamları ve petrol işçileri cömertçe el Fetih örgütüne yardım etti. Arafat aynı süreci Libya ve Suriye gibi diğer Arap ülkelerinde de devam ettirdi.
1962-1966 yılında, Arafat ve en yakın arkadaşları Nasır'ın Arap Birliği'nden yeni ayrılan ve İsrail ile komşu olan Suriye'ye göç etti. Burada daha yüksek gelirli üyeler toplayabildi ve sonunda İsrail'e karşı olan silahlı mücadelesine başlayabildi. Bundan önce el Fetih'in yaklaşık üç yüz üyesi vardı ama hiç savaşçısı yoktu.

Arafat'ın 1964 yılında Arap Birliği tarafından kurulan Filistin Kurtuluş Örgütü'nün düzenli askerî kuvveti olan Filistin Kurtuluş Ordusu'nun üyelerine daha fazla maaş verilmesi kararını vermesinin ardından yavaş yavaş el Fetih'in insan gücü arttı. 31 Aralık 1964'te de el Fetih'in askerî kolu olan el Assifa (Fırtına) İsrail'e sızmaya çalıştı ancak Lübnangüvenlik güçleri tarafından durduruldu. El Fetih'in kötü eğitimli, kötü donanımlı savaşçılarıyla yaşanan bu olaydan sonra, çoğu Arafat tarafında doğrudan yönetilen birçok başarılı baskın ya da başarısız baskın girişimi oldu.

Filistinlilerin Lideri
13 Kasım 1966'da, İsrail Yeşil Hat'tın güneyinde el Fetih'in bombalı saldırısı sonucu üç İsrailli askerin ölmesine misilleme olarak Ürdün tarafından idare edilen Batı Şeria'nın El Samu şehrine büyük bir saldırı başlattı. Çatışmanın sonunda birçok Ürdün askeri öldü ve 125 ev yerle bir edildi. Bu baskın 1967'de yapılan Altı Gün Savaşı'na yol açan faktörlerden biridir.

Israil'in 5 Haziran 1967'de Mısır Hava Kuvvetleri'ne karşı yaptığı hava saldırısı Altı Gün Savaşı'nın başlangıcı oldu. Savaş Arapların yenilgisi ve İsrail'in aralarında Batı Şeria ile Gazze Şeridi'nin de bulunduğu birçok Arap bölgesini işgaliyle sonuçlandı. Her ne kadar Nasır ve Arap müttefikleri yenilmişse de Arafat ve el Fetih bir anlamda muzaffer olmuşlardı çünkü artık o güne kadar Arap hükümetlerinin yanında yer alan Filistinlilerin çoğu sorunlarının çözümünün "Filistinliler"den geçtiğini anlamaya başlamıştı.

Aralarında George Habbaş'ın (el Hekim) Arap Milliyetçi Hareketi, Hacı Emin el Hüseyni'nin Arap Yüksek Şurası, İslami Kurtuluş Cephesi ile Suriye destekli birçok Filistinli siyasi parti ve örgüt sponsorlarının yenilgisinden sonra büyük bir çöküş yaşadı. Yalnızca bir hafta sonra Arafat kılık değiştirerek Şeria Nehri'ni geçti ve Batı Şeria'ya girdi. El Halil, Kudüs ve Nablus'da hareketine yandaş aramak için merkezler kurdu.

Nasır danışmanlarından Muhammed Heykal aracılığıyla Arafat ile temas kurdu ve Arafat Nasır tarafından "Filistinlilerin lideri" ilan edildi. Aralık ayında Ahmet Şukeyri Filistin Kurtuluş Örgütü liderliğinden istifa etti. Yerine Yahya Hammuda geçer ve Arafat'ı örgüte katılması için çağrıda bulunur. El Fetih'e Filistin Kurtuluş Örgütü Meclisi'nin 105 sandalyesinin 33'ü ayrılır. Diğer 57 sandalye çeşitli gerilla grup ve faksiyonlarına ayrılmıştır.

El Karameh Çarpışması
1968 boyunca el Fetih örgütünün merkezinin bulunduğu, Filistin mülteci kamplarının yer aldığı el Karameh kasabası İsrail Ordusu tarafından birçok kez hedef alındı. Şehrin Arapça adının anlamı "haysiyet"tir ve 1967 Arap yenilgisinden sonra sembolik önemini artırmaktadır. Buraya düzenlene operasyon, el Fetih ve diğer militan örgütler tarafından işgal altında bulunan Batı Şeria'da roketli saldırılara karşı misilleme amaçlıdır. Said Aburiş'e göre Ürdün hükümeti ve birkaç el Fetih komandosu Arafat'ı geniş çaplı bir İsrail saldırısının hazırlıklarını karşı uyarmış, George Habbaş'ın yeni kurulmuş Filistin Halk Kurtuluş Cephesi (FHKC) ile Nayef Hayatme'nin fraksiyoner Filistin Demokratik Halk Kurtuluş Cephesi (FDHKC) örgütleri şehri terketmiştir. Her ne kadar el Fetih sempatizanı Ürdünlü bir general tarafından kasabayı terkedip tepelere saklanması önerildiyse de Arafat buna karşı çıkmış, ve "Arap dünyasında çekilmeyecek ya da kaçmayacakların da olduğuna tüm Dünya'yı inandırmak istiyoruz" demiştir. Aburiş, el Fetih'in Arafat'ın emriyle kasabada kaldığını, Ürdün Ordusu'nun eğer ağır çarpışmalar olursa devreye girme kararı verdiğini yazar.
 
21 Mart gecesi İsrail Ordusu ağır silahlarla, zırhlı araçlarla ve savaş uçaklarıyla el Karameh'e saldırdı. El Fetih'in kaçmaması İsrail askerlerini şaşırttı. İsrail kuvvetleri harekâtı genişletince Ürdün Ordusu da müdahil oldu ve İsrailliler büyük bir savaş çıkmasını önlemek için geri çekilmek zorunda kaldı. Çarpışmanın sonunda yaklaşık 150 el Fetih militanı, yirmi Ürdün askeri ve yirmi sekiz İsrail askeri ölmüştür. Arapların ölü sayısının daha çok olmasına rağmen, İsrail'in hızlı geri çekilmesi nedeniyle el Fetih kendisini muzaffer saymıştır. Arafat savaş alanında bulunmuştur ama katılımının detayları belirli değildir. Ancak hem müttefikleri hem de İsrail haberalma örgütü çarpışma sırasında sürekli olarak adamlarını yerlerinden ayrılmama ve çarpışmaya devam etme konusunda cesaretlendirdiğini belirtmiştir.

Çarpışma Time tarafından detaylı olarak izlenmiş ve Arafat'ın portresi 13 Aralık 1963 sayısının kapağında çıkarak Dünya Arafat'ın resmiyle ilk defa tanışmıştır. Savaş sonrası ortamda bu önemli dönüm noktasında Arafat ve el Fetih ortaya çıkmış ve İsrail'e karşı çıkmaya cesaret eden ulusal kahraman olarak görülmeye başlamıştır. Arap dünyasından gelen toplu takdirler sonucu finansal bağışlar önemli ölçüde artmış ve el Fetih silah ve mühimmatı gelişmiştir. İçlerinde binlerce Filistinli olmayan Arabın da bulunduğu birçok gencin katılımıyla örgütün üye sayısı artmıştır.

3 Şubat 1969'da toplanan Filistin Ulusal Konseyi'nde Yahya Hammuda Filistin Kurtuluş Örgütü liderliğinden çekildi. Yerine geçen Arafat, iki yıl sonra Filistin Devrimci Kuvvetlerinin başkomutanı oldu ve daha sonra 1973'te FKÖ'nün siyasal kolunun da başına geçti.