İstanbul'un fethinden sonra, gayrimüslim olan toplumların yaşayışına dair düzenlemeler, Fatih Sultan Mehmet'in çıkardığı fermana bağlanmış, böylece Fener Rum Patrikhanesi de denilen Rum Ortodoks Patrikhanesi’nin yasal statüsü süreklilik kazanmıştır.
 
II. Gennadios'un Patrik olmasıyla, Patrikhane faaliyetlerini kentin ikinci büyük kilisesi olan Havariyun Kilisesi'nde yürütmeye başlar. O zamanlarda yaklaşık bin yaşındaki Havariyun Kilisesi'nin bahçesinde İmparator ailesinin mezarları da bulunmaktadır ve Hristiyan nüfusun azalması ve güvenlik nedeniyle 1455'te boşaltılır.

Patrikhane Pammakaristos Manastırı'na taşınır. 12. yy'da II. Ioannes Komnenos'un yaptırdığı Pammakaristos Manastırı, Hristiyan göçmenlerin yerleştirildiği Çarşamba semtinde idi. Havariyun Kilisesi'ne göre daha küçük ve güvenli olan Pammakaristos, 1518'de restore ve II. Ieremias'ın patrikliği sırasında da genişletilerek yeniden inşa edildi. 1586'da, III. Murad döneminde boşaltılan kilise, 1591'de Fethiye adıyla camiye dönüştürüldü. Patrikhane, önce Fener'deki Vlah Sarayı Kilisesi'ne, 1597'de ise Ayvansaray'daki Ayios Dimitrios Kilisesi'ne taşındı.

Patrikhane, 1602'de Fener'de bulunan Ayios Yeoryios Manastırı'na yerleşti ve bu tarihten sonra faaliyetini burada sürdürdü. II. Mehmed'in çıkardığı fermanla statüsü saptanan Rum Ortodoks patrikleri, cemaatin evlenme, cenaze gibi adetlerini özgürce uygulayabilmesini denetliyorlardı. Patrik, bir vezir statüsünde kabul edilir, kendisine divanda yer verilirdi. Maiyetindeki diğer yöneticiler ile birlikte her türlü hizmet ve vergiden muaftı. Rum cemaatine dair konuların görüşüldüğü meclise başkanlık eden patrik, hukuki ve cezai işlerde tam yetkili idi. Böylece patrik, Rum Ortodoks toplumunun tartışmasız lideri olarak, Bizans dönemindeki haklarından fazlasına kavuşmuştu.
 
Rum Ortodoks kiliseleri üzerinde simgesel bir otoritesi olan İstanbul patriği, 6. yy'dan beri "Ekümenik Patrik" sıfatıyla dünyadaki tüm Ortodoksların ruhani lideri kabul edilir. Bu konu, Lozan Antlaşması’yla hukuki ve siyasi konumu kaldırılan bu unvanı Türkiye Cumhuriyeti tanımamaktadır. Bu durum çeşitli mecralarda bazen sürtüşmelere yol açmaktadır.

1856 Islahat Fermanı ile patriklerin yetkileri, dinî konularla sınırlandı. Seçim usulleri gözden geçirildi. Görev süreleri ömür boyu kılınarak sorumlu oldukları davalardaki yetkileri genişletildi. Lozan Antlaşması’yla Cumhuriyet döneminde patriklerin tüm ayrıcalıkları kaldırıldı. Türkiye Cumhuriyeti uyruğunda bulunmaları koşulu getirildi. Cumhuriyet döneminde Rum Ortodoks Patrikhanesi’nin etkinlik alanı da sadece dinî konularla İstanbul'daki Rum cemaati ile sınırlandı. Hizmet binasının 1941'de yanması üzerine, 1989'da Yüksek Mimar Aristidis Pasadeos nezaretinde başlatılan onarım çalışmaları 1991'de tamamlandı. Patrikhane, faaliyetini hâlen yeni binasında yürütmektedir. Şu andaki Patrik I. Bartholomeos'tur.

İlk olarak 11 Şubat 1869'da ortaya çıkan ve Bizans tahtının yasal varisi olduğu gerekçesiyle Papa'ya asaletini onaylatan Prens Giovanni Antonio Lascaris Paleolog’in başlattığı girişim adım adım imparatorluğa gidiyor. Benzer asalet onaylarını mahkeme kararıyla İtalya, Fransa, İngiltere, Amerika ve Rusya'da da gerçekleştiren Paleolog hanedanı, AB’nin girişimleriyle dünyadaki tek Bizans sarayı olarak kabul edilen Edirnekapı’daki Tekfur Sarayı’nı da restore ettiriyorlar.