TarihTokyo'nun ilk camisinin inşaatı bu topluluk tarafından 1932'de başlatıldı ve 1938'de hizmete girdi. Cami binası 1986’da yıkılınca arazisi, cami yapılması şartı ile Türkiye Cumhuriyeti Devleti’ne hibe edildi. Bu nedenle cami arsasının mülkiyeti Türkiye Cumhuriyeti hazinesine aittir. 1997’de Diyanet İşleri Başkanlığı Tokyo Cami Vakfı’nı kurdu. 1998’de temeli atılan bina, 2 yılda tamamlandı. Cami, 30 Haziran 2000’de ibadet açıldı.
Klasik Osmanlı Türk üslubunda bir yapıdır. 734m2’lik arsa üzerine inşa edilmiştir. Cami ana mekanı 800kişinin aynı anda ibadet etmesi için uygundur. Bodrum katlarda kütüphane, idare bölümü, sergi salonları, misafirhane, lojman gibi bölümler bulunur. Caminin bünyesindeki kültür salonunda bayramlaşma programları, düğün merasimleri, çeşitli sanatsal sergiler, Türkiye tanıtım programları düzenlenir. Binanın mimarı Muharrem Hilmi Şenalp’tir.
Sibirya'lı Türkler'den meşhur seyyah Abdürreşid İbrahim ile Kazanlı Abdülhay Kurban Ali uzun süre yıkılan eski Tokyo Camii'nde imamlık yapmışlardır.
Cami yapımına Atatürk'ün katkılarıKimi araştırmacılar tarafından 1931 yılında Torajiro Yamada'nın Türkiye'ye gelip cumhurbaşkanı Gazi Mustafa Kemal'i ziyaret ettiği ve görüşme sırasında Tokyo'da cami yapımı için yardım talep ettiği iddia edilmiş; bu teklifi kabul eden cumhurbaşkanının Tokyo'daki ilk caminin yapımına maddi destek sağladığı bir gerçektir.Cami nin yapımının başlamasında en büyük katkı Gazi Mustafa Kemal Paşamız tarafından başlatılmıştır.Tokyo camii'nin resmi internet sitesinde bulunan cami tarihçesi kısmında da ne Atatürk'ün ne de Torajiro Yamada'nın ismi geçmektedir.
Torajiro Yamada1866 yılında Nakamura ailesinin oğlu olarak Numata'da dünyaya geldi. Yedi yaşında iken ailesi ile birlikte Tokyo’ya yerleşti.15 yaşında iken çay ustası Soju Yamada tarafından evlat edinildi. Bir yandan çay ustası olarak yetişirken bir yandan da bu kültürü yabancılara sergileyebilmek için Tokyo ve Yokohama’daki okullarda Çince, İngilizce, Almanca, Fransızca öğrendi.
1890’da Osmanlı İmparatorluğu tarafından Japonya’ya Sultan’ın yüksek nişanını takdim etmek için gönderilmiş olan Ertuğrul Fırkateyni’nin batması ve mürettebatından 581 kişinin ölümünden sonra şehit ailelerine yardım amacıyla düzenlenen kampanyalara katıldı. Toplanan paralardan o güne kadar teslim edilememiş olan kısmı teslim etmek için 1892’de İstanbul'a geldi. I. Dünya Savaşı’nın başladığı 1914 yılına kadar İstanbul’da kaldı. Bu süre içinde Japon kültürünü tanıtmaya ve Türkçe’yi ve Osmanlı’nın kültürel yapısını öğrenmeye çalıştı; bir fahri konsolos işlevi gördü.
Sultan Abdülhamit’e babasından kalma bir samuray kılıcını hediye olarak getiren Torajiro Yamada, Abdülhalim Nuda Efendi (Shotara Noda) adlı Japon gazeteci aracılığıyla hediyelerini saraya ulaştırdı. Shotara Noda, kazadan sonra hayatta kalanlarla birlikte gazetesi adına İstanbul’a gelmiş ve padişahın isteği üzerine Harbiye öğrencilerine Japonca dersi vermek üzere kalmış bir gazetecidir. 1891 yılında Müslüman olup Abdülhalim adını almış olan Noda, Yamada’nın gelişi üzerine ders verme işini ona bırakıp ülkesine döndü. Harbiye öğrencilerine ders vermeye başlayan Yamada’nın öğrencileri arasında ileride Türkiye Cumhuriyeti'nin kurucusu olacak Mustafa Kemal’in de olduğu ve Yamada’nın Abdülhamit’in isteği ile Müslüman olup Abdülhalil ismini aldığı şeklinde iddialar vardır. Ancak bu bilgilerin doğruluğu belgelerle kanıtlanmamıştır.
Japonya ve Osmanlı İmparatorluğu arasında ticari ilişkiler kurulması için çalışan Yamada, Galatasaray Lisesi yanında “Shop Nakamura” adlı bir dükkan açtı. Tütün, tuz, yün ihraç etti; ipek ve tabak-çanak gibi eşyalar ithal etti. Ayrıca Sultan II. Abdülhamit için Japonya’dan sanat eserleri getirtip Topkapı Sarayı’ndaki Uzakdoğu objelerini düzenledi.
1906’da bir ortakla birlikte Japonya’da sigara kağıdı üreten bir şirket kurdu. Japonya’ya döndükten sonra 1925 yılında Türk, Japon İthalat İhracat Derneği kurdu. “Toruko Gakan” (Türkiye Resimli Bir Bakış) adlı bir kitap yazdı. Bu kitapta İstanbul’u çağdaş bir Japon’un gözünden anlattı. 1957 yılında hayatını kaybetti. Sultan Abdülhamit’e hediye etmiş olduğu samuray zırh takımı günümüzde Topkapı Sarayı’nda sergilenmektedir.