5 Ağustos 2013'te İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından karara bağlanan Ergenekon davasında darbeye teşebbüs ve terör örgütü yöneticiliğinden müebbet hapis cezasına çarptırıldı ve 7 Mart 2014'te İstanbul 20. Ağır Ceza Mahkemesi, İlker Başbuğ'a özgürlükten yoksun bırakmanın hukuki olmadığı iddiasının, yerel mahkemece etkili bir şekilde incelenmeden reddedilmesi ve mahkûmiyete ilişkin gerekçeli kararın açıklanmaması"nı gerekçe göstererek tahliye kararı almıştır.
İLK YILLARI
Balkan Savaşı'ndan sonra Makedonya'nın Manastır kentinden Türkiye'ye göç eden, kökleri Karaman'a dayanan bir ailenin mensubu olan Orgeneral İlker Başbuğ, 29 Nisan 1943’te Afyonkarahisar’da dünyaya gelmiştir. İlköğrenimini Afyon 27 Ağustos İlkokulu'nda ortaokul eğitimini Afyon Lisesi’nde ve lise eğitimini Kuleli Askeri Lisesi’nde tamamlamıştır.
ASKERLİK KARİYERİ
1962 yılında Kara Harp Okulundan, 1963 yılında Piyade Okulundan mezun oldu. 1971 yılına kadar Kara Kuvvetleri Komutanlığına bağlı çeşitli birliklerde Takım ve Bölük Komutanlığı yaptı. 1973 yılında Kara Harp Akademisini kurmay subay olarak bitirdikten sonra; Genelkurmay Plan Harekât Daire Başkanlığında Karargâh Subaylığı, Kara Harp Akademisi Öğretim Üyeliği, Brüksel'de NATO Uluslararası Askerî Karargâhında Cari İstihbarat Plan Subaylığı, Kara Kuvvetleri Komutanlığı Plan ve Prensipler Başkanlığı Savunma Araştırma Şube Müdürlüğü ve 51. Piyade Tümeni 247. Piyade Alay Komutanlığı görevlerini yürüttü.
1989-1997 ARASI
İngiltere Kara Harp Akademisi ve NATO Savunma Kolejini de bitirdi. 1989 yılında Tuğgeneral rütbesine terfi etti. Tuğgeneral rütbesi ile Mons'ta Avrupa Müttefik Kuvvetleri Yüksek Karargâhında (SHAPE) Lojistik ve Enf. Daire Başkanlığı ile 1. Zırhlı Tugay Komutanlığı görevlerinde bulundu.
1993 yılında Tümgeneral rütbesine terfi etti. Tümgeneral rütbesi ile Jandarma Asayiş Komutan Yardımcılığı ve Mons'ta Millî Askerî Temsil Heyeti (NMR) Başkanlığı görevlerinde bulundu.
1997 yılında Korgeneral rütbesine terfi etti. Korgeneral rütbesi ile 2. Kolordu Komutanlığı ve Millî Güvenlik Kurulu Genel Sekreter Başyardımcılığı görevlerinde bulundu.
2000-2010 ARASI
Dönemin Genelkurmay Başkanı Orgeneral İlker Başbuğ, dönemin ABD Savunma Bakanı Robert Gates ile birlikte, Ankara.
2002 yılında Orgeneral rütbesine terfi etti. 2002-2003 yıllarında Kara Kuvvetleri Komutanlığı Kurmay Başkanlığı, 2003-2005 yılları arasında Genelkurmay İkinci Başkanlığı, 2005-2006 yıllarında Birinci Ordu Komutanlığı görevlerini müteakip 2006 yılı atamaları ile Kara Kuvvetleri Komutanlığı'na atandı.
2008 yılı Yüksek Askerî Şûra kararları ile Türk Silahlı Kuvvetleri Genelkurmay Başkanlığı görevine atandı. 30 Ağustos 2010 tarihinde yaş haddinden emekli oldu. TSK Üstün Cesaret ve Feragat Madalyası, TSK Üstün Hizmet Madalyası ve TSK Şeref Madalyası sahibidir.
EMEKLİLİK
Emekli olduktan sonra yazarlığa atılıp, "Terör Örgütlerinin Sonu" isimli kitap yazmıştır. "20inci Yüzyılın En Büyük Lider: Mustafa Kemal" adlı ikinci kitabını cezaevinde tamamlamıştır. Yayımlandığı ay Türkiye'de en çok satanlar listesinde ikinci sırada yer almıştır. Bir önceki kitabının devamı niteliğinde olan "20inci Yüzyılın En Büyük Lider: Atatürk" isimli üçüncü kitabı, Kasım 2012 tarihinde yayımlanmıştır. Suçlamalara Karşı Gerçekler (2013, Kaynak Yayınları), Nasıl Bir Türkiye (2015, Kaynak Yayınları) ve Ermeni Suçlamaları ve Gerçekler (2015, Remzi Kitabevi) isimli kitapları da vardır.
İNTERNET ANDICI DAVASI
Emekliliğinden 17 ay sonra, tanık olarak dinlenilmesi beklenen 'İnternet andıcı' davası kapsamında Başbuğ hakkında 2 Ocak 2012 tarihinde soruşturma başlatıldı. 6 Ocak 2012 tarinde ‘silahlı terör örgütü yöneticiliği ve hükümeti ortadan kaldırmaya teşebbüs’ suçlamalarından tutuklanmıştır.
Başbuğ, adliye çıkışında şöyle demiştir:
"Türkiye Cumhuriyetinin 26ncı Genelkurmay Başkanı terör örgütü kurmak ve yönetmekle suçlanmıştır. Takdir yüce Türk milletinindir" demiştir. Başbuğ’un mahkemede, silahlı terör örgütü kurmak ve yönetmekle suçlanmasının trajikomik olduğunu belirterek "Bu iddianın bu şekilde dile getirilmesi bile benim için en ağır cezadır, bundan sonra ne ceza verilirse bu beni daha fazla üzmez. Kötü amacım olsa 700 bin kişilik gücü elinde tutan bir komutan olarak başka yolları denerdim."
Türkiye Başbakanı Recep Tayyip Erdoğan özel bir kanaldaki programın canlı yayınında, İlker Başbuğ'un tutuklu yargılanmasına ilişkin şöyle değerlendirmede bulunmuştur:
"İlker paşamızla alakalı olarak ben yapılan benzetmeleri ve yakıştırmaları asla doğru bulmuyorum. Yani bir örgüt elemanıymış, bir örgütün mensubuymuş gibi bu tür yaklaşımları kesinlikle çok çok çirkin buluyorum. Türk Silahlı Kuvvetleri'nde Genelkurmay Başkanlığı makamına gelmiş bir insan için bu tür bir yakıştırmanın, bu tür bir benzetmenin doğru olmadığını ve insaf dışı olduğunu kesinlikle düşünüyorum. Daha önce de söyledim tutuklu yargılanmasını dahi yargıda olmasına rağmen söylüyorum doğru bulmuyorum, tutuksuz yargılanmasından yana olduğumu da daha başta söyledim."
Avrupa Komisyonu'nun "Türkiye 2012 Yılı İlerleme Raporu"nda, Başbuğ'un tutukluluğundan iki kez bahsedilirken şu değerlendirme yapılmıştır:
"Savunma hakkı, yargılama öncesi tutukluluk sürelerinin uzunluğu ile fazlasıyla uzun ve çok kapsamlı iddianameler bakımından endişeler devam etmiş olup, bu durum, söz konusu yargılamaların hukuka uygunluğunun kamuoyu tarafından kayda değer ölçüde sorgulanmasına yol açmıştır."
5 Ağustos 2013 tarihinde Ergenekon Davası'ndan müebbet hapis cezası almıştır.
Ceza aldıktan sonra yaptığı açıklamada Başbuğ şu açıklamayı yapmıştır:
"Eğer bir ülkede, toplum hakimlerin bağımsızlığını sorguluyorsa, verilen hükümlerin Anayasa’ya, kanunlara ve hukuka uygun olduğuna ilişkin şüpheler taşıyorsa, o ülkede hukukun üstünlüğünün var olduğu ileri sürülemez. Bu durumda yargılananlar için son sözü millet söyleyecektir. Ve millet yanılmaz ve aldanmaz. Her zaman doğruların, hak ve haklının yanında, yani adaletin yanında olanların, vicdanları rahat olur. Ben öyleyim. Ve inanıyorum ki, hak hiçbir zaman yerde kalmaz."
İstanbul 20. Ağır Ceza Mahkemesi, 7 Mart 2014'te İlker Başbuğ'un "özgürlükten yoksun bırakmanın hukuki olmadığı iddiasının, yerel mahkemece etkili bir şekilde incelenmeden reddedilmesi ve mahkûmiyete ilişkin gerekçeli kararın açıklanmaması"nı gerekçe gösterilerek tahliye edilmesine karar vermiştir