1977'de Ülkü Ocakları Ankara İl Başkanlığına, 25 Mayıs 1978'te de Ülkücü Gençlik Derneği Genel Başkan Yardımcılığı'na seçildi. 11 Temmuz 1978'de Ankara'da Hacettepe Üniversitesi öğretim üyelerinden Doç. Dr. Bedrettin Cömert'in öldürülmesi olayının faili olarak Ankara 5.Sulh Ceza Mahkemesi'nce hakkında gıyabi tevkif kararı verildi. 23 Ağustos 1978'de Sakarya ilinde yakalandı ve gözaltına alındı.
Abdullah Çatlı'nın, 9 Ekim 1978'de de Ankara ili Bahçelievler semtindeki 7 TİP'linin öldürülmesi olayının planlayıcısı ve baş sorumlusu olduğu iddialarına ilişkin tutuklama kararı olayın üzerinden 4 yıl, 4 ay geçmesinden sonra gerçekleştirilebildi.
Çatlı, 12 Eylül Darbesi'ni izleyen aylarda yurt dışına çıktı. Bulgaristan ve Viyana'da bir süre kaldı. 22 Şubat 1982'de, İsviçre'de Mehmet Özbay adına düzenlenmiş pasaport ile yakalandı, ancak serbest bırakıldı. 22 Ekim 1983'de Paris'te MİT ile ilişkiye geçtiği ve ASALA'ya karşı 5 eylemde kullanıldığı MİT resmi belgelerinde yer aldı. İstihbaratçı Korkut Eken de Abdullah Çatlı'nın 1980'li yılların başlarında MİT ile ilişkisi olduğu ifade etmiştir. 22 Ekim 1984'de Paris'te yakalandığında üzerinde Hasan Kurtoğlu adına düzenlenmiş bir pasaport vardı. Çatlı, Fransa'da 7 yıl hapis cezasına çarptırıldı. 16 Eylül 1985'de Papa Suikasti davasında tanık olarak konuştu. Oral Çelik'in suikast ile ilgisi olmadığını, Mehmet Ali Ağca'nın Bulgar ajanı olabileceğini iddia etti. Çatlı, kısa bir süre sonra Fransa tarafından 7 yıl ceza aldığı İsviçre'ye iade edildi. 21 Mart 1990'da Bostadel Cezaevi'nden kaçtı.
1993'de Türkiye'ye gelen ve taşıdığı Şahin Ekli adına düzenlenmiş pasaport ile gözaltına alınan Çatlı, aynı tarihte serbest bırakıldı. Çatlı'nın 26 Nisan 1996'da Ömer Lütfü Topal ile aynı uçakta Kıbrıs'a gittiği ve aynı otelde kaldıktan sonra 1 Mayıs 1996'da geri döndüğü de kayıtlardan ortaya çıktı.
3 Kasım 1996'da Balıkesir'in Susurluk ilçesi yakınlarında tarihe Susurluk kazası olarak geçen trafik kazasında öldü. Kaza sırasında Çatlı'nın yanında, arka sol tarafta oturan Gonca Us ve arabayı kullanan İstanbul eski emniyet müdür yardımcısı Hüseyin Kocadağ da ölmüştür. Aracın içindeki dört kişiden yalnızca dönemin DYP milletvekili Sedat Edip Bucak kurtulabilmiştir.
Nevşehir'de yapılan cenaze töreninde, Türk bayrağına sarılı tabutu Nevşehir Kaldırım Mezarlığına defnedildi.
Ölümü hakkında komplo teorileri mevcuttur. Kaza yapan aracın fren sisteminin bozulması ve kazadan sonra boynu kırılarak öldürüldüğünü bunların başında gelmektedir